Los integrantes del equipo de investigación de la comisión que creó el Ministerio de Defensa analizaron los hechos conocidos hasta el momento y señalaron que la implosión del ARA San Juan ocurrió por diversos hechos que no ocurrieron en cuestión de minutos sino de horas. 

Los miembros de la comisión son los contraalmirantes Adolfo Trama y Alejandro Kenny y el capitán de navío Jorge Bergallo, quien además es el padre de Jorge Ignacio Bergallo,uno de los 44 tripulantes del ARA San Juan. El informe de la comisión será entregado a Aguad y no forma parte de la causa judicial,a cargo de Marta Yañez.. 

Según el borrador del documento, al que accedió La Nación, lo que se estima que ocurrió, y que sólo podría ser confirmado en caso de encontrar el submarino y sacarlo a superficie, es que todo comenzó con un incendio en el tanque de baterías ubicado en la proa.

Se cree que este primer incendio fue provocado por la entrada de agua a través del snorkel durante el temporal del pasado 14 de noviembre.

El incendio obligó a que el ARA San Juan saliera a superficie con gran oleaje, de noche, para poder controlar el foco. Controlar ese incidente, sacar el humo y el hidrógeno podría haber llevado horas.

Según el reporte, cuando se pudo controlar [aunque sea parcialmente] la situación, se decidió ir a inmersión con intención de navegar hacia Mar del Plata y seguir trabajando en las reparaciones.

Se cree que una vez sumergido, un nuevo foco volvió a descontrolarse lo que generó que quede afectado el  "sistema de gobierno" de la embarcación, que se habría ido hasta el fondo, lo que provocó una implosión dada la profundidad inesperada.  Para los expertos, la explosión que se detectó, en realidad fue una implosión y el abollamiento del casco por la presión del agua. 

Por otro lado, destacaron que el submarino estaba en condiciones de navegar sumergido con seguridad. Y que la nave no presentó ninguna falla ni en la navegación de julio ni en los 20 días de iniciada la misión hasta el 15 de noviembre.

Luego descartaron "completamente" que haya sido embestido por otro barco estando en superficie. La tercera opción descartada fue que el ARA San Juan haya sido torpedeado por otro barco o submarino. 

Sobre el documento que se envió a Diputados con coordenadas cercanas a Malvinas , dijeron que no son posibles porque siempre navegó dentro de la zona de exclusión. "El riesgo Malvinas fue descartado, nada ocurrió en relación con ese aspecto", dice el borrador. También descartaron la presencia de un submarino inglés, tal como habían denunciado familiares de algunos de los tripulantes. 

Por último, analizaron todas las comunicaciones y remarcaron que, en todo momento, la tripulación transmitió tranquilidad y control de la situación. Nunca se pidió socorro ni algún tipo de apoyo.