Luego de su viaje a Armenia, el Papa se refirió a la comunidad LGBT y a todos aquellos grupos que fueron marginados a lo largo del tiempo por la Iglesia católica.

A bordo del avión rumbo a Roma le preguntaron si estaba de acuerdo con uno de sus principales asesores, el cardenal alemán Reinhard Marx, que dijo durante una conferencia en Dublín en los días posteriores a la masacre de Orlando dentro de un club gay que la Iglesia les debe una disculpa a los homosexuales por haberlos marginado.

Francisco respondió que la Iglesia debe enseñar a respetar, entre otras minorías, a los gays y no discriminarlos. "Creo que la Iglesia no solo debe disculparse (…) con una persona a la que ofendió sino que debe también disculparse con los pobres, con las mujeres que han sido explotadas, con los niños que han sido explotados en el trabajo y por bendecir tantas armas (…)", señaló el ex cardenal argentino en dialogo con los periodistas.

Luego de la masacre de Orlando, sucedieron varios desfiles organizados por la comunidad LGBT en las principales ciudades del mundo, en los cuales se recordaron a las víctimas de la masacre.