Cunha, miembro del conservador Partido del Movimiento Democrático de Brasil (PMDB), del que también forma parte el actual presidente de facto, Michel Temer desde octubre de 2016 cumple una condena de 15 años y 4 meses de cárcel acusado de encabezar un "esquema delictivo" para estafar a la entidad financiera estatal la Caixa. 
 
Dentro de los cargos presentados figuran corrupción, lavado de dinero y prevaricato. Junto a Cunha fueron imputados el también ex presidente de la Cámara de Diputados Henrique Eduardo Alves (de 2013 a 2015), para el que la Fiscalía pidió 78 años de prisión, y otros tres ex funcionarios.
 
El imputado aceptó en diciembre de 2015 la denuncia contra la mandataria por supuestas irregularidades fiscales incurridas por su gobierno.
 
El Partido de los Trabajadores lo acusó de iniciar el impeachment como venganza, luego de que el PT apoyara en la Cámara la investigación de las denuncias de corrupción en su contra.